هم‌زمان با رونق گرفتن بازار محصولات ارگانیک، پژوهش‌ها برای کشف خواص برتر این محصولات هم رونق گرفت. یکی از جدیدترین این پژوهش‌ها درباره‌ی مقایسه‌ی خواص آنتی‌اکسیدانی گوجه‌فرنگی‌های ارگانیک و معمولی است که نشان می‌دهد میزان مواد مغذی و آنتی‌اکسیدان‌هایی مثل فلانوئیدها در انواع ارگانیک، دو برابر بیشتر از انواع معمولی است و این البته یک نتیجه‌ی شگفت‌انگیز است. دکترآلیسون میشل، متخصص شیمی مواد غذایی در دانشگاه کالیفرنیا، و همکارانش می‌گویند دو نوع فلاونوئید به‌نام کئورسیتین (quercetin) و کائمفرول (kaempferol) در گوجه‌فرنگی‌های خشک شده‌ای که به روش ارگانیک و توسط روش‌های کشاورزی تحقیق شده است، وجود دارد که از انواع معمولی، بیشتر است. این دانشمندان، همچنین، میزان این فلاونوئیدها را در انواع ارگانیک به ترتیب، ۷۹ درصد و ۹۷ درصد بالاتر از انواع معمولی ارزیابی کرده‌اند که رقم قابل توجهی به حساب می‌آید.
پژوهش‌های قبلی نشان داده است که فلاونوئیدها، فشارخون را تعدیل می‌کند و از بیماری‌های قلبی و سکته پیشگیری می‌کنند و همچنین باعث کاهش بروز انواعی از سرطان‌ها و آلزایمر می‌شوند. دانشمندان، تفاوت موجود در میزان فلاونوئیدها را در گوجه‌فرنگی‌های ارگانیک، نسبت به انواع ساده، به عدم وجود کود در کشاورزی به روش ارگانیک نسبت می‌دهند. البته، در این میان فرضیه‌ی دیگری هم وجود دارد که بر اساس آن، فلاونوئیدها، به عنوان مکانیسم دفاعی که در اثر کمبود مواد مغذی فعال می‌شود، به وجود می‌آیند؛ این کمبود مثلا می‌تواند کمبود نیتروژن در خاک باشد. بر اساس این فرضیه، نیتروژن موجود در کودهای معمولی، برای گیاهان به راحتی قابل دسترس است و بنابراین چون در کشاورزی به روش ارگانیک از کود استفاده نمی‌شود، کم بودن میزان فلاونوئیدها در انواع معمولی به دلیل بالا بودن میزان استفاده از کودها در کشاورزی است.
تحلیل جامع دیگری که در سال ۲۰۱۴، منتشر شده است، نشان می‌دهد که محصولات ارگانیک، از هویج و بروکلی گرفته تا سیب و بلوبری (زغال اخته آبی)، به‌طور قابل ملاحظه‌ای دارای تجمع بیشتری از آنتی‌اکسیدان‌ها و سایر ترکیبات شیمیایی هستند که می‌توانند برای بدن سودمند باشند. این بررسی شامل داده‌هایی از بیش از ۳۰۰ مطالعه‌‌ی مختلف می‌شود. برای نمونه، محصولات ارگانیک در مقایسه با محصولات سنتی، دارای حدود ۵۰ درصد «آنتوسیانین» و «فلاونول» بیشتری هستند. آنتوسیانین‌ها، ترکیباتی هستند که در میوه‌ها و سبزیجاتی نظیر بلوبری با رنگ‌های، آبی، قرمز و بنفش وجود دارد. مصرف این ترکیبات، فواید متعددی از جمله آثار ضدالتهابی دارد. ترکیبات فلاونول، که در میوه‌ها و سبزیجات به فراوانی یافت می‌شوند، نیز برای محافظت از سلول‌ها در مقابل آسیب‌دیدگی و درنتیجه مقاومت در برابر بیماری‌ها، مؤثر شناخته شده‌اند.
